Skip to main content
Systems Biology Group
Navigation
Welcome
In The News
People
Resources
Presentations
Publications
Authors
Keywords
Internal Lab Wiki
Contact Us
Biblio
Found 20 results
Filters:
Author
is
Stuart, Joshua M.
[Clear All Filters]
2013
T. Goldstein
,
Paull, E. O.
,
Ellis, M. J.
, and
Stuart, J. M.
,
“
Molecular Pathways: Extracting Medical Knowledge from High Throughput Genomic Data.
”
,
Clin Cancer Res
, 2013.
2012
S. Ng
,
Collisson, E. A.
,
Sokolov, A.
,
Goldstein, T.
,
Gonzalez-Perez, A.
,
Lopez-Bigas, N.
,
Benz, C.
,
Haussler, D.
, and
Stuart, J. M.
,
“
PARADIGM-SHIFT predicts the function of mutations in multiple cancers using pathway impact analysis
”
,
Bioinformatics
, vol. 28, pp. i640-i646, 2012.
L. M. Heiser
,
Sadanandam, A.
,
Kuo, W. - L.
,
Benz, S. C.
,
Goldstein, T. C.
,
Ng, S.
,
Gibb, W. J.
,
Wang, N. J.
,
Ziyad, S.
,
Tong, F.
,
Bayani, N.
,
Hu, Z.
,
Billig, J. I.
,
Dueregger, A.
,
Lewis, S.
,
Jakkula, L.
,
Korkola, J. E.
,
Durinck, S.
,
Pepin, F.
,
Guan, Y.
,
Purdom, E.
,
Neuvial, P.
,
Bengtsson, H.
,
Wood, K. W.
,
Smith, P. G.
,
Vassilev, L. T.
,
Hennessy, B. T.
,
Greshock, J.
,
Bachman, K. E.
,
Hardwicke, M. A.
,
Park, J. W.
,
Marton, L. J.
,
Wolf, D. M.
,
Collisson, E. A.
,
Neve, R. M.
,
Mills, G. B.
,
Speed, T. P.
,
Feiler, H. S.
,
Wooster, R. F.
,
Haussler, D.
,
Stuart, J. M.
,
Gray, J. W.
, and
Spellman, P. T.
,
“
Subtype and pathway specific responses to anticancer compounds in breast cancer
”
,
Proceedings of the National Academy of Sciences
, vol. 109, pp. 2724-2729, 2012.
M. J. Ellis
,
Ding, L.
,
Shen, D.
,
Luo, J.
,
Suman, V. J.
,
Wallis, J. W.
,
Van Tine, B. A.
,
Hoog, J.
,
Goiffon, R. J.
,
Goldstein, T. C.
,
Ng, S.
,
Lin, L.
,
Crowder, R.
,
Snider, J.
,
Ballman, K.
,
Weber, J.
,
Chen, K.
,
Koboldt, D. C.
,
Kandoth, C.
,
Schierding, W. S.
,
McMichael, J. F.
,
Miller, C. A.
,
Lu, C.
,
Harris, C. C.
,
McLellan, M. D.
,
Wendl, M. C.
,
DeSchryver, K.
,
Allred, C. D.
,
Esserman, L.
,
Unzeitig, G.
,
Margenthaler, J.
,
Babiera, G. V.
,
Marcom, K. P.
,
Guenther, J. M.
,
Leitch, M.
,
Hunt, K.
,
Olson, J.
,
Tao, Y.
,
Maher, C. A.
,
Fulton, L. L.
,
Fulton, R. S.
,
Harrison, M.
,
Oberkfell, B.
,
Du, F.
,
Demeter, R.
,
Vickery, T. L.
,
Elhammali, A.
,
Piwnica-Worms, H.
,
McDonald, S.
,
Watson, M.
,
Dooling, D. J.
,
Ota, D.
,
Chang, L. - W.
,
Bose, R.
,
Ley, T. J.
,
Piwnica-Worms, D.
,
Stuart, J. M.
,
Wilson, R. K.
, and
Mardis, E. R.
,
“
Whole-genome analysis informs breast cancer response to aromatase inhibition
”
,
Nature
, vol. 486, pp. 353–360, 2012.
2011
M. Koeva
,
Forsberg, C. E.
, and
Stuart, J. M.
,
“
Computational Integration of Homolog and Pathway Gene Module Expression Reveals General Stemness Signatures
”
,
PLoS ONE
, vol. 6, p. e18968, 2011.
J. H. Tripp
,
Hewson, I.
,
Boyarsky, S.
,
Stuart, J. M.
, and
Zehr, J. P.
,
“
Misannotations of rRNA can now generate 90% false positive protein matches in metatranscriptomic studies
”
,
Nucleic Acids Research
, vol. 39, pp. 8792-8802, 2011.
Z. J. Sanborn
,
Benz, S. C.
,
Craft, B.
,
Szeto, C.
,
Kober, K. M.
,
Meyer, L.
,
Vaske, C. J.
,
Goldman, M.
,
Smith, K. E.
,
Kuhn, R. M.
,
Karolchik, D.
,
Kent, J. W.
,
Stuart, J. M.
,
Haussler, D.
, and
Zhu, J.
,
“
The UCSC cancer genomics browser: update 2011
”
,
Nucleic Acids Research
, vol. 39, pp. D951-D959, 2011.
C. M. Tamble
,
St. Onge, R. P.
,
Giaever, G.
,
Nislow, C.
,
Williams, A. G.
,
Stuart, J. M.
, and
Lokey, S. R.
,
“
The synthetic genetic interaction network reveals small molecules that target specific pathways in Sacchromyces cerevisiae
”
,
Mol. BioSyst.
, vol. 7, p. -, 2011.
2010
M. H. Woehrmann
,
Gassner, N. C.
,
Bray, W. M.
,
Stuart, J. M.
, and
Lokey, S.
,
“
HALO384
”
,
Journal of Biomolecular Screening
, vol. 15, pp. 196-205, 2010.
C. J. Vaske
,
Benz, S. C.
,
Sanborn, Z. J.
,
Earl, D.
,
Szeto, C.
,
Zhu, J.
,
Haussler, D.
, and
Stuart, J. M.
,
“
Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM
”
,
Bioinformatics
, vol. 26, pp. i237-i245, 2010.
C. E. Forsberg
,
Passegué, E.
,
Prohaska, S. S.
,
Wagers, A. J.
,
Koeva, M.
,
Stuart, J. M.
, and
Weissman, I. L.
,
“
Molecular Signatures of Quiescent, Mobilized and Leukemia-Initiating Hematopoietic Stem Cells
”
,
PLoS ONE
, vol. 5, p. e8785, 2010.
C. D. House
,
Vaske, C. J.
,
Schwartz, A. M.
,
Obias, V.
,
Frank, B.
,
Luu, T.
,
Sarvazyan, N.
,
Irby, R.
,
Strausberg, R. L.
,
Hales, T. G.
,
Stuart, J. M.
, and
Lee, N. H.
,
“
Voltage-Gated Na+ Channel SCN5A Is a Key Regulator of a Gene Transcriptional Network That Controls Colon Cancer Invasion
”
,
Cancer Research
, vol. 70, pp. 6957-6967, 2010.
2009
C. J. Vaske
,
House, C.
,
Luu, T.
,
Frank, B.
,
Yeang, C. - H.
,
Lee, N. H.
, and
Stuart, J. M.
,
“
A Factor Graph Nested Effects Model To Identify Networks from Genetic Perturbations
”
,
PLoS Comput Biol
, vol. 5, p. e1000274, 2009.
A. E. Cozen
,
Weirauch, M. T.
,
Pollard, K. S.
,
Bernick, D. L.
,
Stuart, J. M.
, and
Lowe, T. M.
,
“
Transcriptional Map of Respiratory Versatility in the Hyperthermophilic Crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum
”
,
Journal of Bacteriology
, vol. 191, pp. 782-794, 2009.
2007
Z. Hu
,
Mellor, J.
,
Wu, J.
,
Kanehisa, M.
,
Stuart, J. M.
, and
DeLisi, C.
,
“
Towards zoomable multidimensional maps of the cell
”
,
Nat Biotech
, vol. 25, pp. 547–554, 2007.
Z. Hu
,
Ng, D. M.
,
Yamada, T.
,
Chen, C.
,
Kawashima, S.
,
Mellor, J.
,
Linghu, B.
,
Kanehisa, M.
,
Stuart, J. M.
, and
DeLisi, C.
,
“
VisANT 3.0: new modules for pathway visualization, editing, prediction and construction
”
,
Nucleic Acids Research
, vol. 35, pp. W625-W632, 2007.
2002
P. J. Roy
,
Stuart, J. M.
,
Lund, J.
, and
Kim, S. K.
,
“
Chromosomal clustering of muscle-expressed genes in Caenorhabditis elegans
”
,
Nature
, vol. 418, pp. 975–979, 2002.
M. Hewett
,
Oliver, D. E.
,
Rubin, D. L.
,
Easton, K. L.
,
Stuart, J. M.
,
Altman, R. B.
, and
Klein, T. E.
,
“
PharmGKB: the Pharmacogenetics Knowledge Base
”
,
Nucleic Acids Research
, vol. 30, pp. 163-165, 2002.
2001
S. K. Kim
,
Lund, J.
,
Kiraly, M.
,
Duke, K.
,
Jiang, M.
,
Stuart, J. M.
,
Eizinger, A.
,
Wylie, B. N.
, and
Davidson, G. S.
,
“
A Gene Expression Map for Caenorhabditis elegans
”
,
Science
, vol. 293, pp. 2087-2092, 2001.
1998
J. M. Stuart
and
Bradley, E.
,
“
Learning the grammar of dance
”
, in
In Proceedings of the International Conference on Machine Learning
, 1998, pp. 547–555.